国旗の中央の紋章の下にはスペイン語でDIOS, UNIDOS,Y LIBERYTAD(神・団結・自由)と書いたリボンがある。この国のめざすもの(国標)である。全体が月桂樹で囲まれ、その周囲には(もちろんスペイン語で)「中米エルサルバドル共和国」との国名が表示してある。
中央のフリギア帽はフランス革命以来広まった「自由の帽子」。ローマ時代に解放奴隷が用いたとされる。
国旗に国名が表示されているのは、ほかにパラグアイ、ベネズエラ、ボリビア、コスタリカ、ベリーズなど中南米の国旗に多い。
一番下の文字が国名「アフガニスタン」である。
ニカラグア、ホンジュラスなどの5カ国は1821年9月15日、中米合州国の名で独立した。5カ国の国旗は今も、当時の青と白の旗の影響を残している。エルサルバドルは一時期、別のデザインの旗を使ったこともあったが、1912年、現国旗が制定されて、再び同合州国に由来する旗が復活した。紋章の中央には、“自由の帽子”が描かれ、そのまわりにはグアテマラの国旗の中央にある表示と同様、独立した日付が書かれている。5つの火山と旗は中米5カ国を表わしている。青は常に水晶のように透きとおっているこの国の空を表わし、白はこの国が平和と調和を望む国であることを表わしている。