GWと重なるように皇太子殿下ご夫妻がオランダのウィレム・アレクサンダー新国王即位式に参列、安倍首相がロシア・中東の計4カ国を歴訪するため、それぞれが政府専用機を使用した。時期的に重なったためそれぞれに予備として民間航空機を1機ずつチャーターして随行させた（2機で渡航するのは各国首脳の訪問時における慣習）。
訪米した小泉総理を迎える儀典官と儀仗兵 ワシントンD.C.郊外アンドルーズ空軍基地にて（2006年6月28日）
政府専用機のコールサインはJapanese Air Force 901と同902。 皇太子ご夫妻が搭乗されたのが001で安倍首相が乗ったのが002。Japanese Air Forceとあるが、「日本空軍」は存在しない。しかし、防衛省・航空自衛隊 が管理運航しているということこれで表す。Japanese Air Force Air Forceといった長い名前は国際的に認められないので、短くしたまでのこと。
垂直尾翼に特大の「日の丸」が描かれているほか、他のボーイング747型機と同様に2階前方にコックピットがあり、その天井にある天測用ハッチの開口部には、国旗を立てるための特殊な機材が用意され、羽田空港からの出発時には「日の丸」を掲げたり、着陸時にその国の国旗を立てたりすることができる。今回はせめてTV画面からでもその小旗を撮影しようと試みたが、私のデジカメでと操作技術ではタイミングを逃してしまった。またの機会に今度は2眼レフを用意して連続撮影ででもとらえてみたい。
なお、2013年1月24日、アルジェリア南東部イナメナスの人質事件で、救出された7人と、犠牲者9人の遺体を乗せた政府専用機がアルジェ空港を飛び立ち、翌朝、羽田に帰国した。
政府専用機は要人のための使用のほか、在外邦人救出の人道目的や自衛隊員の海外派遣の場合にも使用できることになっている。
羽田空港（東京国際空港）を離陸する日本政府専用機（写真はいずれもウィキペディアから）
