現在、日本が国家として承認し（国交があり）、国連の正式な加盟国でないというのはローマ教皇庁（バチカン）、コソボ、クック諸島の３カ国。バチカンは国連では常任のオブザーバーとして、加盟国とは投票権を除く全て同じ権利を持つことが2004年7月1日に認められた。コソボは2008年2月17日にセルビアからの独立を宣言、日本は同年３月18日に国家承認をした。これまでに１０２か国が同様に国家としてコソボを承認している。南太平洋のクック諸島については、東日本大震災の直後2011年３月25日に日本が国家承認をしている。ニュージーランドとの自由連合制を採用、コソボ国民は新西蘭自動的にNZの国籍を有する。軍事および外交の最終的な責任はニュージーランドが保持するが、内政は全面的に同諸島政府が行い、平素はNZ政府の承認を経ずに独自の外交を行っている。2001年以降諸外国との外交関係の樹立を積極化させているが、国家としては未だ多くの国から承認を得るに至っていない。これまでのところ国連に加盟する31か国およびバチカン、とEU（欧州連合）と外交関係を樹立している。
バチカンの国旗
また、パレスチナ自治政府（国連合での表記はパレスチナ国＝2012年11月29日にオブザーバー組織から格上げされた）も多くの国が承認しているが国連では「国家としてのオブザーバー」。この決議にアメリカ、イスラエルは反対、日本は賛成した。
スイスは2002年に国民投票で加盟に鍵を切り替えたが、それ以前の数年間はマルタ騎士団同様のオブザーバーの立場であった。
他には、国家間の組織であるアフリカ連合（ＡＵ．旧アフリカ統一機構＝OAU）、英連邦、EU、赤十字国際委員会（ICRC）、国際赤十字赤新月社連盟（IFRC）、国際オリンピック委員会（IOC）、国際海洋法裁判所、アラブ連盟など。前述のマルタ騎士団（聖ヨハネ騎士団）もその古くからの１つである。
